Pada tahun 1951, sebuah bangunan sekolah di Jalan Embong Wungu No. 2, Surabaya, yang waktu itu digunakan sebagai sekolah Christelijke MULO oleh VOICS (Vereniging tot Oprichting en Instandhouding van Christelijke Scholen) Surabaya, dihibahkan kepada Panitia Badan Pendidikan dan Pengajaran Kristen Tiong Hoa Surabaya, sebagai cabang dari Tiong Hoa Kie Tok Kauw Hwee bagian pendidikan Jawa Timur. Panitia inilah yang memikirkan untuk menggunakan gedung tersebut sebagai sarana pendidikan bagi masyarakat umum. Pada saat ini, gedung tersebut telah menjadi salah satu lembaga pendidikan, SMP Kristen Petra 2. Melalui beberapa renovasi yang dilakukan, gedung sekolah ini sekarang memiliki fasilitas yang cukup memadai. Gedung sekolah ini memiliki dua pintu masuk dan keluar, yaitu di Jalan Embong Wungu 2 dan Jalan Embong Trengguli 3.

Perkembangan dan pertumbuhan SMP Kristen Petra 2 terus berjalan, pelan namun pasti. Dari segi peningkatan mutu pembelajaran, para guru secara rutin mengikuti dan terlibat dalam berbagai pelatihan atau workshop, baik yang diselenggarakan oleh PPPK Petra maupun oleh lembaga lainnya. Demikian juga para siswa, dengan pembinaan dan pelatihan yang menggembirakan, berhasil meraih banyak kejuaraan akademik dan nonakademik, baik yang diselenggarakan oleh lembaga di tingkat kota, provinsi, maupun nasional. Selain peningkatan prestasi akademik dan nonakademik, para siswa juga dimantapkan dengan pembinaan budi pekerti dan religiusitasnya. Hal itu diwujudkan dengan adanya materi pendidikan nilai, di mana setiap siswa diharapkan memiliki dan termotivasi untuk menanamkan serta menerapkan honesty, respect, dan responsibility.

I Gusti Njoman Djoena
(1958—1992)

Drs. Imanu Siswoputranto
(1992—2003)

Drs. Tjahya Sutrasneka
(2003—2006)

Elisabeth Dian Pujilestari, S.Pd.
(2006—2008)

Dra. Theresia Ambar Sisworini
(2008—2016)

Dra. Ni Nyoman Panji Satyawathi, M.M.
(2016—2018)